Cài đặt cấu hình MPI, PVM trên hệ điều hành Linux CentOS 5x

1. Cài đặt hệ điều hành Linux CentOS 5x
-  Download CentOS tại địa chỉ:http://ftp.riken.jp/Linux/centos/5.5/isos/i386/CentOS-5.5-i386-bin-DVD.iso
- Hướng dẫn cài đặt hệ điều hành CentOS: http://www.mediafire.com/?jc7g89bae97zk59
-   Sử dụng hệ thống với giao diện dòng lệnh
2. Cài đặt hệ thống master – slave

a.     Cấu hình chung – tất cả các node

-         Tạo user “cntt” trên tất cả các node

-         Khởi động và tắt một số dịch vụ của hệ thống bằng trình tiện ích “setup”, tắt FireWall như trong đoạn clip (http://www.mediafire.com/?fc5c0t26jg6a1n6). Sau đó khởi động lại máy. 

-         Đặt hostname và IP từ node trong tập tin /etc/hosts để các node ssh vào nhau thông qua hostname thay cho IP như sau:

127.0.0.1        localhost
192.168.1.10 master
192.168.1.11 slave

-         Chỉnh sửa tập tin /etc/hosts.equiv (nếu chưa có thì tạo mới bằng trình vi) để các node kết nối rsh vào nhau mà không yêu cầu mật khẩu (pvm yêu cầu phải có file này). Nội dung file này gồm:

master
slave

-         Tạo tập tin ẩn .rhosts trên thư mục $HOME của user. Ví dụ tạo file .rhosts trên thư mục $HOME của user cntt. Tập tin này cũng cho phép RSH giữa các node không cần mật khẩu. Nội dung file gồm hostname của các node

master
slave

-         Thêm các lệnh rsh, rexec, rlogin vào cuối tập tin /etc/securetty như bên dưới

console

vc/1

vc/2

vc/3

vc/4

vc/5

vc/6

vc/7

vc/8

vc/9

vc/10

vc/11

tty1

tty2

tty3

tty4

tty5

tty6

tty7

tty8

tty9

tty10

tty11

rsh

rexec

rlogin

b.     Máy master

-         Clip hướng dẫn cài đặt: http://www.mediafire.com/?w52z6zet4j6dv0z

-    Đặt địa chỉ IP: 192.168.1.15/24

-         ­­Đặt tên máy: master trong tập tin /etc/sysconfig/network

NETWORKING=yes
HOSTNAME=master

-         Cấu hình tập tin /etc/exports để tạo thư mục dùng chung cho hệ thống. Ví dụ node master sẽ export thư mục /home dùng chung (public). Thêm dòng lệnh bên dưới vào cuối file /etc/exports:

/home    192.168.1.0/255.255.255.0(rw)

-         Khởi động lại máy master

-    Tạo Key cho SSH trên thư mục $HOME của user cntt như sau:

$ssh-keygen   -t rsa

$ENTER (3 lần)

Sau đó thực hiện các lệnh sau:

$cd  $HOME/.ssh

$cp   id_rsa.pub   authorized_keys

$chmod  600 *

$cd ..

$chmod 755 .ssh

c.      Máy slave

-    Clip hườn dẫn cài đặt: http://www.mediafire.com/?bl1hytvyf8llk5y

-     Đặt địa chỉ IP: 192.168.1.16/24

-         ­­Đặt tên máy: master trong tập tin /etc/sysconfig/network

NETWORKING=yes
HOSTNAME=slave

-         Cấu hình tập tin /etc/fstab để mount thư mục public trên node master về. Ví dụ mount thư mục /home trên node master. Thêm dòng lệnh bên dưới vào cuối file /etc/fstab:

master:/home /home        nfs

-         Khởi động lại máy slave

d.     Cài đặt MPI & PVM trên máy master (đăng nhập hệ thống với user cntt, không sử dụng user root)

                                                             i.      Cài đặt MPI

-         B1: Download MPI (mpich-1.2.7p1.tar.gz) từ địa chỉ  ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich-1.2.7p1.tar.gz  vào thư mục $HOME của user “cntt” hoặc từ trang web http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/

-         Tạo Thư mục mpi: 
     #cd ~
     #mkdir mpi
-    B2: giải nén bằng lệnh: $tar       -zxvf           mpich-1.2.7p1.tar.gz

-         B3: Di  chuyển đến thư mục mpich-1.2.7p1 vừa giải nén bằng lệnh: $cd  mpich-1.2.7p1
-    B4: Cấu hình: ./configure  --prefix=$HOME/mpi

-        Biên dịch bằng lệnh: $make

-         B5: Cài đặt bằng lệnh: $make    install

-         B6: Đặt biến môi trường trong $HOME/.bashrc  như sau

export         MPI_HOME=$HOME/mpi

export         PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH

export              LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

-         B7: Log off hệ thống sau đó đăng nhập với tài khoản “cntt”

-         B8: Khai báo tập tin $MPI_HOME/share/machine.LINUX thêm dưới cùng nội dung sau:

master

slave

-         B8: test thử: vào thư mục $cd $MPI_HOME/examples. Sau đó biên dịch và run thử file cpi.c như sau:

Biên dịch bằng lệnh: $mpicc    -o  cpi   ./cpi.c

Run: $mpirun       -np    5        ./cpi

-         Nếu kết quả như sau thì thành công

[cntt@master examples]$ mpirun -np 5 ./cpi

Process 0 on master

Process 1 on slave

Process 2 on master

Process 4 on master

Process 3 on slave

pi is approximately 3.1416009869231245, Error is 0.0000083333333314

wall clock time = 0.003693

[cntt@master examples]$

                                                             ii.   Cài đặt PVM

-         Download pvm-3.4.6 tại địa chỉ http://www.netlib.org/pvm3/pvm3.4.6.tgz đặt trong thư mục $HOME/cntt

-         Giải nén bằng lệnh: $tar -zxvf pvm3.4.6.tgz sẽ được thư mục pvm3

-         Di chuyển vào thư mục pvm3: $cd   pvm3

-         Đặt biến môi trường trước khi cài đặt: $export PVM_ROOT=$HOME/pvm3

-         Sau đó gõ lệnh: $make để cài đặt (chờ trong vài giây)

-         Tiếp theo quay về thư mục $HOME: $cd   $HOME

-         Đặt biến môi trường trong file .bashrc bằng trình soạn thảo vi:  $vi .bashrc  sao đó gõ vào dưới cùng 2 dòng lệnh sau:

export         PVM_ROOT=$HOME/pvm3

export         PATH=$PVM_ROOT/lib:$PATH

-         Log out tài khoản cntt và đăng nhập lại. Sau đó tạo file .rhosts trong thư mục $HOME/cntt với nội dung như sau:

Master

-         Khởi động pvm: $pvm  sau đó add host slave vào

-    Test thử:

-         Vào thư mục $HOME/pvm3/examples và biên dịch file hello.c và hello_other.c như sau

-         $cd $HOME/pvm3/examples

-         $aimk         hello  hello_other

-         Chờ trong vài giây…. Kết quả file hello và hello_other được tạo trong thư mục $PVM_ROOT/bin/LINUX. Vào thư mục này và thực thi file hello

-         $cd    $PVM_ROOT/bin/LINUX

-         $./hello và kết quả như sau

[cntt@master LINUX]$ ./hello

i'm t40004

from t40005: hello, world from master

[cntt@master LINUX]$